Las obras han tenido una duración de dos años y han contado con una inversión de 1.900.000 euros, aportando la Diócesis de Málaga un millón de euros y el Ayuntamiento de Málaga 900.000. Aparte, la restauración de las pinturas de las bóvedas, con un importe de 45.000 euros, ha sido sufragada en su totalidad por la Fundación Málaga.

Esta actividad ha generado, de forma permanente durante este tiempo, 50 puestos de trabajo directos (arqueólogos, restauradores, albañiles, peones, revocadores, canteros, carpinteros, pintores, electricistas, fontaneros, etc.)  y otros tanto de forma indirecta en talleres, canteras de mármol, técnicos, etc.

El objetivo de las actuaciones realizadas ha sido frenar y reparar el estado de deterioro que presentaba el edificio en sus muros y suelos, afectados por la humedad, que deterioraban los revestimientos, acabados, la instalación de electricidad y megafonía del templo, corrigiendo con ello los desperfectos que desvirtúan el carácter del edificio y su construcción, dejando dichas partes reparadas.

El Obispo de Málaga, Jesús Catalá, ha resaltado que este templo ha sido «la cuarta basílica de la época de los Reyes Católicos que quedaba por restaurar (tras la Catedral de la Encarnación, y las parroquias de San Juan Bautista y Santiago Apóstol), lo que ha sido un motivo de grandísimo gozo y de fiesta». El prelado ha querido agradecer a todos los que se han implicado en este monumental proyecto (ayuntamiento, fundación, empresas, artistas y trabajadores) y felicitarlos porque ha sido un trabajo de equipo. «Hoy ofrecemos a Málaga esta hermosísima iglesia —ha afirmado—. Ojalá sea cada vez más conocida, no solo por los feligreses y los malagueños en general, sino por los numerosos turistas que nos visitan. Esta joya histórica y preciosa, es una oportunidad para dar a conocer Málaga al mundo entero y de atraer a quienes son fuente de recursos para la ciudad».

Por su parte, el alcalde de Málaga, Francisco de la Torre, ha destacado que la historia de esta iglesia está ligada a la historia de Málaga pues fue una iniciativa de la Reina Isabel la Católica. «La obra ha quedado espléndida –ha afirmado–. Tenemos que alegrarnos muchísimo de que se hayan recuperado distintas iglesias de Málaga que habían sufrido mucho en los años 30 y que luego, en distintas intervenciones, no habían sabido retener una orientación histórica y artística que respetara el proyecto inicial. Nos alegra haber podido colaborar».

Desde la Fundación Málaga, su responsable de Gestión Cultural, Dánae Pérez, ha señalado que «este ha sido un proyecto muy ilusionante para nuestra Fundación porque nos encontramos en uno de los templos más queridos por los malagueños y uno de los ejemplos más bellos de la Málaga barroca». En el acto de presentación interveno, asimismo, el arquitecto técnico del Obispado, Pablo Pastor, el párroco, Felipe Reina.

El 22 de abril, a las 20.00 horas tuvo lugar la reapertura oficial del templo con una Eucaristía solemne que estuvo presidida por el Sr. Obispo. Hasta entonces, las cofradías que lo tienen como sede fueron realizando los traslados de sus sagrados titulares desde los lugares de culto provisional que han venido ocupando durante la obra.